มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ได้จัดทำโครงการสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ วิทยาเขตปราจีนบุรี โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาและกระจายฐานบริการระดับอุดมศึกษาด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ไปสู่จังหวัดปราจีนบุรีและภูมิภาคใกล้เคียงรวมทั้งดำเนินการวิจัยและพัฒนาการฝึกอบรม การถ่ายทอดเทคโนโลยีต่างๆ แก่ชุมชนและภาคอุตสาหกรรม ซึ่งเดิมมหาวิทยาลัยฯ ได้วางแผนจัดทำโครงการสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ณ จังหวัดฉะเชิงเทรา แต่ต้องเปลี่ยนแปลงสถานที่ดำเนินโครงการมาเป็นที่จังหวัดปราจีนบุรี ซึ่งเป็นที่ดินราชพัสดุในความดูแลของกองทัพบกซึ่งที่ดินที่ติดทางหลวงจังหวัดหมายเลข 3077 เส้นทางขึ้นเขาใหญ่ เลขที่ 129 หมู่ 6 ตำบลเนินหอม อำเภอเมือง จังหวัดปราจีนบุรี จำนวน 1,233 ไร่ และสำรองพื้นที่ใช้งานอีก 1,286 ไร่ เพื่อให้สอดคล้องกับนโยบายของทบวงมหาวิทยาลัยที่ให้มหาวิทยาลัยที่จะขยายวิทยาเขตแห่งใหม่ควรมีพื้นที่อย่างน้อยไม่ต่ำกว่า 2,000 ไร่

สภาสถาบันได้อนุมัติให้จัดตั้งโครงการกองงานวิทยาเขตปราจีนบุรี ขึ้นโดยให้เป็นหน่วยงานระดับกอง ในปี พ.ศ. 2544 เพื่อรองรับการบริหารการประสานงานการบริการวิชาการและการจัดการศึกษาของโครงการสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ วิทยาเขตปราจีนบุรี และในปีการศึกษา 2540 สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือได้เริ่มเปิดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตปราจีนบุรี

โดยคณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรม ซึ่งใช้สถานที่เรียนที่วิทยาลัยสารพัดช่างปราจีนบุรี ปีการศึกษา 2541 คณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรม ได้ย้ายมาจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตปราจีนบุรี ปีการศึกษา 2543 คณะวิศวกรรมศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ประยุกต์ก็ได้มาเปิดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตปราจีนบุรี อีกด้วย

และในปีการศึกษา 2546 ได้มีคณะอุตสาหกรรมเกษตร เปิดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตปราจีนบุรีเป็นปีการศึกษาแรก โดยมีกองงานวิทยาเขตปราจีนบุรี ได้ดำเนินการอำนวยความสะดวกให้กับคณะต่างๆ ที่มาเปิดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตปราจีนบุรี ตามภารกิจที่มหาวิทยาลัยมอบหมาย ปัจจุบันวิทยาเขตปราจีนบุรีได้มีการจัดการเรียนการสอนเต็มรูปแบบ โดยคณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรม คณะอุตสาหกรรมเกษตร และมีการจัดการเรียนการสอนบางส่วนที่มาจาก มจพ.กรุงเทพฯ ของคณะวิศวกรรมศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์ประยุกต์ นอกจากนี้แล้วมีหน่วยงานสนับสนุนการการเรียนการสอน ได้แก่ หอสมุดกลาง สำนักคอมพิวเตอร์และเทคโนโลยีสารสนเทศ มาให้บริการนักศึกษาอีกด้วย

โครงการคณะอุตสาหกรรมศาสตร์ ได้รับการบรรจุไว้ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 7 พ.ศ. 2535-2539 ตามนโยบายการขยายโอกาสการศึกษาสู่ส่วนภูมิภาคของมหาวิทยาลัยฯ และได้รับการจัดตั้งอย่างเป็นทางการซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม 2539 โดยใช้ชื่อว่าคณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรม ตั้งอยู่ที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ วิทยาเขตปราจีนบุรี การจัดการศึกษาของคณะฯ ได้จัดขึ้นเป็นครั้งแรกเมื่อครั้งยังเป็นโครงการคณะอุตสาหกรรมศาสตร์

ในปีการศึกษา 2537 ในหลักสูตรพิเศษ สาขาการจัดการอุตสาหกรรม ซึ่งรับนักศึกษาที่เป็นผู้บริหารในภาครัฐและภาคอุตสาหกรรมเข้ามาศึกษา โดยใช้อาคารและสถานที่ของศูนย์นวัตกรรมไทย-ฝรั่งเศส กรุงเทพฯ ต่อมาในปีการศึกษา 2538 ได้ย้ายมาจัดการเรียนที่อาคารอเนกประสงค์ กรุงเทพฯ ซึ่งจัดให้เป็นที่ทำการของคณะฯ และจัดการเรียนการสอนในสาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่ออุตสาหกรรม

มหาวิทยาลัยได้ดำเนินการจัดตั้งสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ วิทยาเขตปราจีนบุรี ขึ้นในปี พ.ศ. 2539 ที่ตำบลเนินหอม อำเภอเมือง จังหวัดปราจีนบุรี และได้เริ่มสร้างอาคารและระบบสาธารณูปโภคบนพื้นที่ 1,233 ไร่ และได้มอบหมายให้คณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรมมาดำเนินการจัดการศึกษาขึ้นเป็นครั้งแรกที่จังหวัดปราจีนบุรี ในสาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่ออุตสาหกรรม

โดยได้รับความร่วมมือจากภาครัฐและภาคเอกชนของจังหวัดปราจีนบุรีได้จัดหางบประมาณในการปรับปรุงและจัดสถานที่เรียน ตลอดจนเครื่องมือและอุปกรณ์เพื่อการศึกษา และได้รับความอนุเคราะห์สถานที่จากวิทยาลัยสารพัดช่างปราจีนบุรี เป็นที่สำหรับจัดการเรียนการสอนเป็นครั้งแรกที่จังหวัดปราจีนบุรี เมื่ออาคารอเนกประสงค์ วิทยาเขตปราจีนบุรี ซึ่งเป็นอาคารหลังแรกแล้วเสร็จในปี พ.ศ.2541

คณะฯ จึงได้ย้ายมาดำเนินการจัดการเรียนขึ้นในพื้นที่วิทยาเขตปราจีนบุรี เป็นครั้งแรก และได้จัดการศึกษาเพิ่มขึ้นอีก 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรม และสาขาวิชาการบริหารงานก่อสร้าง ในปี พ.ศ.2542 เมื่อการก่อสร้างอาคารคณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรมแล้วเสร็จ คณะจึงได้ย้ายที่ทำการมาดำเนินการจัดการเรียนการสอนที่วิทยาเขตปราจีนบุรี อย่างเต็มรูปแบบจนถึงปัจจุบันนี้

จัดตั้งขึ้นในปีพุทธศักราช 2546 ณ วิทยาเขตปราจีนบุรี เพื่อสนองตอบนโยบายของมหาวิทยาลัยในการขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ส่วนภูมิภาค รับผิดชอบในการจัดการศึกษาและผลิตบัณฑิตด้านอุตสาหกรรมเกษตร ที่มีความรู้ความสามารถทั้งทางด้านทฤษฎีและปฏิบัติและมีจรรยาบรรณที่ดีในวิชาชีพ เพื่อทำงานในภาคอุตสาหกรรมเกษตร

โดยเน้นด้านเทคโนโลยีการแปรรูปผลิตผลทางการเกษตร การพัฒนาผลิตภัณฑ์ การพัฒนาระบบการผลิต ตลอดจนการควบคุมและรักษาคุณภาพของผลิตภัณฑ์ โดยตระหนักถึงความปลอดภัยเป็นสำคัญรวมถึงการบริหารและการจัดการในระบบธุรกิจด้านอุตสาหกรรมเกษตร 

นอกจากนี้ยังมีโครงการจัดตั้ง ศูนย์วิจัยอุตสาหกรรมเกษตร โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นสถานที่ทำงานวิจัยในด้านวิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีการแปรรูปผลิตผลทางการเกษตรของบุคลากร อีกทั้งยังสามารถใช้เป็นสถานที่ในการจัดสัมมนาและฝึกอบรมเกี่ยวกับการแปรรูปผลิตผลทางการเกษตร และการพัฒนาผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรมเกษตรให้แก่ชุมชน ทำให้เกิดความเชื่อมโยงเป็นเครือข่ายที่เข้มแข็งระหว่างผู้มีบทบาทในอุตสาหกรรมอาหาร และเป็นการนำองค์ความรู้ทางด้านอุตสาหกรรมเกษตร มาช่วยพัฒนาคุณภาพสินค้าพื้นเมืองของชุมชนให้ได้มาตรฐานที่ยอมรับในระดับสากล เพื่อสร้างความมั่นคงของเศรษฐกิจรากหญ้า อันนำไปสู่การเพิ่มผลผลิตทางด้านนวัตกรรมใหม่ๆ และเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันของภาคเศรษฐกิจและสังคมของจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดใกล้เคียง